NFOŚiGW w procesie obsługi Funduszu Spójności w Polsce pełni z adania Jednostki Pośredniczącej II stopnia . Oznacza to, iż z upoważnienia Jednostki Pośredniczącej I stopnia (Ministerstwo Środowiska) i Instytucji Zarządzajcej (Ministers two Gospodarki i Pracy) koordynuje działania Jednostkek Wdrażających , czyli Beneficjentów Końcowych Funduszu Spójności.
